As terras que hoje pertencem ao município de Extremoz, foram inicialmente habitadas pelos índios tupis e paiacus, que viviam às margens da Lagoa de Guajiru. No ano de 1607, uma parte de terra foi concedida a jesuítas pelo capitão-mor do Rio Grande do Norte, Jerônimo de Albuquerque, tendo como principal objetivo catequizar os indígenas. Os jesuítas também foram os principais responsável pela construção da igreja de São Miguel e pelo estabelecimento da missão do Guajiru. Isso também fez com que a sociedade tribal fosse sendo influenciada pela doutrina cristã. Em 1757, durante as invasões holandesas no Brasil, os jesuítas foram expulsos e a povoação tornou-se a primeira da Capitania do Rio Grande do Norte com a categoria de vila (segundo o historiador Luís da Câmara Cascudo). A 3 de maio de 1760 passa a se chamar "Vila Nova de Extremoz do Norte". Nesse tempo a vila tinha 1.429 habitantes e era um importante centro econômico e pecuarista. Até aos dias de hoje, moradores nativos preservam várias lendas a respeito da história de Extremoz, como a do tesouro, cujo desfecho foi a destruição da capela de São Miguel, que teria sido demolida na tentativa de os moradores encontrarem o tal tesouro. Atualmente a capela se encontra em ruínas e foi tombada em 1990. Em 18 de agosto de 1855 a Vila de Nova Extremoz foi incorporada ao povoado de Boca da Mata, com a denominação de "Vila de Ceará Mirim". Já em 1892, foi criado o distrito de "Extremoz" e anexado ao município de Ceará-Mirim. Em 4 de abril de 1963, Extremoz foi desmembrado de Ceará-Mirim e tornou-se novo município do estado do Rio Grande do Norte. O desmembramento foi oficializado em 2 de fevereiro de 1964. Seu nome se deve principalmente ao fato de estar localizada a norte de Natal (capital do estado).
